Présentation rapide

Développé initialement par Gabriel Fricout et Dominique Jeulin (CMM - Mines ParisTech) en collaboration avec l'équipe de John Bertram au Dpt d'anatomie et de biologie cellulaire de Monash University, les algorithmes re-implémentés dans JSkel ont permis de calculer les squelettes d'arbres urinaires de souris (à partir d'images 3D segmentées) et d'y mesurer la longueur de chacune des branches.

Ces algorithmes se sont avérés suffisamment robustes pour être utilisés afin de caractériser d'autres structures (ex prostate, nerfs, fibres du papier).

Une description plus détaillée se trouve ici.

Bibliographie

[1] Fricout G., Jeulin D., Cullen Mc Ewen L., Harper I.S., Bertram J.F. (2002) 3-D Skeletonization of ureteretic trees in developing kidneys, in: Mathematical Morphology, Proceedings of the VIth International Symposium-ISMM'2002, Sydney, 3-5 April 2002, H. Talbot & R. Beare (eds), CSIRO Publishing, pp. 157-164.

[2] Cullen-McEwen L.A., Fricout G., Harper I.S., Jeulin D., Bertram J.F. (2002) Quantitation of 3D ureteric branching morphogenesis in cultured embryonic mouse kidney, Int J Dev Biol 46(8), pp.1049-1055.

[3] Almahbobi G., Hedwards S., Fricout G., Jeulin D., Bertram J.F., Risbridger G.P. (2004) Computer-based detection of neonatal changes to branching morphogenesis reveals different mechanisms of and predicts prostate enlargement in bone morphogenetic protein 4 haploinsufficient mice, accepted for publication in Journal of Pathology.

[4] Cain J.E., Nion Th., Jeulin D., Bertram J.F. (2004) Exogenous BMP-4 amplifies asymmetric ureteric branching in the developing mouse kidney in vitro, Kidney International, vol. 67 (2005) pp. 420-431.